Bersahabat dan bekerjasama dengan berbagai lembaga, sekolah, madrasah, universitas  baik di dalam negeri maupun di luar negeri sangat diperlukan dalam rangka pengembangan kualitas madrasah. Ini dilakukan oleh Madrasah Mu’allimaat Muh. Yk.. yang menjalin kerjasama dengan beberapa negara khusunya di ASEAN dalam program sister school. Beberapa lembaga pendidikan yang merajut persahabatan melalui budaya dia antaranya adalah NTU Singapur, New Water Singapur, Unity Collage, Sekolah Menengah Sains Perempuan Malaysia, Matrix Internasional School Malaysia, Streesmutprakan School Tahiland. Para siswi Mu’allimaat Muh. Yk. membawakan beberapa produk budaya Indonesia ke tempat yang dikunjungi. Sebaliknya, Para siswi juga mendapatkan pengenalan budaya dari lembaga pendidikan yang dikunjungi tersebut. dengan demikian, persahabatan antara siswi Mu’allimaat dengan lembaga pendidikan tersebut dapat terjalin dan menghasilkan kerjasama di antara Madrasah Mu’allimaat.

         Persahabatan yang terjalin tersebut diwujudkan dalam beberapa bentuk kerjasama. Kerjasama yang disepakati di antaranya adalah kerjasama dengan Sekolah Menengah Sains Perempuan Seremban Malaysia dan  Streesmutprakan School Tahiland. Kerjasama tersebut bisa dalam bentuk pertukaran pelajar atau juga bisa pertukaran guru. Selain terbentuk persahabatan dan kerjasama dengan beberapa lembaga pendidikan dengan negara Thailand dan Malaysia, Madrasah Mu’alalimaat Muh. Yk. juga dapat mewujudkan misinya yaitu “menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan Islam guna membangun kompetensi dan keunggulan siswi di bidang ilmu-ilmu dasar keislaman, ilmu pengetahuan, teknologi, seni, dan budaya.”

          Kegiatan ini diikuti oleh 36 siswi MA dan MTs Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta  dan 4 orang guru serta 2 karyawan sejak tanggal 20 Mei hingga 31 Mei 2016. Dengan keberadaan rombangan Madrasah Mu’allimaat Muh. Yk. diharapkan dapat membagikan pengalaman yang diperoleh kepada seluruh civitas akademik madrasah Mu’allimaat Muh. Yk. dan sekitarnya. Selain itu, diharapkan mewujudkan madrasah yang lebih unggul melalui “International Networking and Branding”.

        Selama di Thailand dan Malaysia 36 siswa itu bersahabat dengan siswa di sana melalui pendekatan budaya dilingkungan tersebut. “Selama tinggal di sana mereka akan berinteraksi dan berkomunikasi secara langsung dengan masyarakat Malaysia dan Thailand menggunakan Bahasa Inggris dan Melayu”.  Hal ini sebagaimana yang diungkapkan oleh Direktur Mu’allimaat Muh. Yk, Agustyani Ernawati, S.Pd. “Salah satu manfaat dari Program Sister School yang dilaksanakan oleh Madrasah Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta untuk meningkatkan pengetahuan global dalam dunia pendidikan yang terus berkembang dewasa ini serta meningkatkan pengetahuan akademik baik bagi siswa maupun guru”.