Pelayanan kesehatan diperlukan untuk meningkatkan derajat kesehatan siswi maupun seluruh warga sekolah. Oleh karena itu kualitas pelayanan kesehatan sekolah harus ditingkatkan. Adapun bentuk pelayanan yang ada di madrasah yaitu:

1.     Upaya Peningkatan (Promotive)
Kegiatan promotif adalah kegiatan yang dilaksanakan melalui pelatihan dan penyuluhan kesehatan. Adapun bentuk kegiatannya sebagai berikut:

a.    Budidaya tanaman obat tradisional (apotek hidup) oleh Kader Apotek Hidup
Merupakan kegiatan pembudidayaan dan pengidentifikasian jenis obat tradisonal. Kegiatan ini bertujuan untuk meningkatkan pengetahuan siswi tentang jenis obat-obat tradisional dan pemanfaatannya. Kegiatan yang sudah dilakukan adalah sebagai berikut :
1)    Penanaman tanaman apotek hidup
2)    Perawatan tanaman
3)    Penyuluhan dan sosialisasi pemanfaatan tanaman apotek hidup
b.    Kegiatan donor darah (Daboma)
Kegiatan ini bertujuan untuk meningkatkan kepedulian sosial dengan melakukan aksi donor darah. Sebagai peserta adalah siswi, warga sekolah dan masyarakat sekitar Madrasah Tsanawiyah Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta. Kegiatan ini dilakukan kerja sama dengan Palang Merah Indonesia (PMI) Kota Yogyakarta.   

2.    Pencegahan (Preventive)

Kegiatan ini dilaksanakan untuk mencegah terjadinya penyakit melalui peningkatan daya tahan tubuh, pemutusan mata rantai penularan penyakit dan penghentian proses penyakit pada tahap dini sebelum timbul penyakit. Dengan cara antara lain :
a.    Screening

Merupakan pemeriksaan kesehatan secara umum kepada siswi, meliputi berat badan, tinggi badan, mata, kulit dan rambut, gigi dan pendataan riwayat penyakit yang pernah dialami. Kegiatan ini dilakukan satu tahun sekali

b.    Pemeriksaan satus gizi berkala
Merupakan kegiatan pemeriksaan tingkat pertumbuhan siswi dilihat dari indeks massa tubuh (IMT).

c.    Pemeriksaan kesehatan umum
Merupakan pelayanan pemeriksaan kesehatan secara umum oleh petugas Usaha Kesehatan Sekolah (UKS) dan dokter terhadap siswi dan seluruh warga sekolah. Pelayanan ini dilakukan setiap hari di ruang Usaha Kesehatan Sekolah (UKS).  

d.    Pemeriksaan kesehatan gigi
Merupakan pelayanan pemeriksaan kesehatan gigi oleh petugas Usaha Kesehatan Sekolah (UKS) dan dokter terhadap siswi dan seluruh warga sekolah. Pelayanan ini dilakukan setiap hari di ruang Usaha Kesehatan Sekolah (UKS). Jenis pelayanan yang diberikan adalah :
1)    Pembersihan karang gigi (scalling)
2)    Penambalan gigi
3)    Pencabutan gigi (exo)

e.    Pemberian penambah darah (Fe)
Pemberian vitamin penambah darah (Fe) kepada siswi agar terhindar dari kekurangan darah (anemia). Hal ini dilakukan untuk menjaga stamina tubuh siswi dalam belajar.

f.    Konseling kesehatan ramaja
Merupakan pelayanan konseling remaja kepada siswi-siswi yang mempunyai mempunyai masalah kesehatan. Yang bertindak sebagai konselor adalah siswi, dokter, dan petugas Usaha Kesehatan Sekolah (UKS).

3.    Pengobatan (Curative) dan Pemulihan (Rehabilitatif)

Kegiatan Curative adalah serangkaian kegiatan penyembuhan dan pemulihan yang dilakukan melalui kegiatan mencegah komplikasi dan kecacatan akibat proses penyakit atau untuk meningkatkan kemampuan siswi yang cidera atau cacat agar dapat berfungsi optimal. Program yang dimiliki dan telah dilaksanakan adalah sebagai berikut :
a.    Diagnosa dini
Proses menganalisis gejala dan mendeteksi penyakit secara dini untuk menghindari penyakit terserangnya penyakit yang lebih parah. Kegiatan ini dilakukan oleh dokter setiap hari di ruang Usaha Kesehatan Sekolah (UKS).

b.    Pengobatan ringan
Kegiatan penanganan kasus dan pemberian obat untuk penyakit jenis penyakit ringan. Kegiatan ini dilakukan oleh dokter, petugas UKS dan siswi Kader Kesehatan Remaja (KKR).

c.    Pertolongan Pertama Pada Kecelakaan (P3K)
Kegiatan pemberingan pertolongan dan penanganan kasus kecelakaan ringan yang terjadi pada siswi. Kegiatan ini dilakukan oleh siswi Kader Kesehatan Remaja (KKR). Jenis kecelakaan yang ditangani antara lain :
1)    Keseleo
2)    Luka lecet
3)    Luka gores
4)    Luka lebam

d.    Rujukan medik
Adalah bentuk pelayanan yang dilakukan oleh dokter UKS dalam bentuk pelimpahan wewenang atau tanggung jawab imbal balik, terhadap suatu kasus penyakit atau masalah kesehatan kepada instansi kesehatan yang lebih tinggi. MTs Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta bekerja sama dengan Dana Sehat Muhammadiyah (DSM) yang berada di Rumah Sakit PKU I Muhammadiyah Yogyakarta. Proses rujukan yang dilakukan adalah sebagai berikut :
1)    Dokter menganalisis keluhan sakit yang disampaikan pasien
2)    Dokter mendiagnosa jenis penyakit yang dikeluhkan pasien
3)    Dokter memberi resep obat kepada pasien
4)    Jika dalam waktu tiga hari sakit belum sembuh maka dokter akan merujuk pasien untuk memeriksakan ke RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta.

e.    Home Visit
Adalah pelayanan dalam bentuk kunjungan ke asrama dan rumah siswi apabila siswi tersebut mengalami masalah kesehatan, baik dalam kesehatan secara fisik maupun psikologis. Kegiatan bertujuan untuk memberikan motivasi dan dukungan secara psikologis agar siswi segera sembuh dan pulih. Pelayanan ini dilakukan secara insidental menyesuaikan kondisi dan kebutuhan. Sebagai contoh siswi yang sudah beberapa hari tidak masuk karena sakit dan tinggal di rumah maka salah satu petugas UKS dan guru Bimbingan Konseling (BK) melakukan kunjungan ke rumah siswi tersebut.

f.    Kegiatan Dana Sehat
Kegiatan ini berupa pemberian santunan dana untuk biaya pengobatan kepada siswi yang mengalami kecelakaan pada saat kegiatan di madrasah.

g.    Reveral
Merupakan pengalih tanganan kasus terhadap masalah kesehatan yang terjadi pada siswi diluar kewenangan dan kemampuan dokter UKS pada dokter spesialis yang berkompeten di bidangnya. Pelayanan ini dilakukan secara insidental dan menyesuaikan kebutuhan. Apabila diketahui ada siswi mengalami keluhan kesehatan fisik tetapi sudah dicek dokter ternyata secara fisik tidak mengalami gangguan. Dokter UKS akan melimpahkan wewenang pengobatan ke psikolog/psikiater.

h.    Bakti Sosial Pemeriksaan Gratis Untuk Warga Sekolah dan masyarakat sekitar
Bakti sosial diaadakan satu kali dalam satu tahun sebagai wujud kepedulian kepada warga sekolah dan masyarakat sekitar untuk mengadakan pemeriksaan kesehatan bebas biaya. Madrasah Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta bekerja sama dengan Puskesmas Ngampilan Yogyakarta dan Dana Sehat Muhammadiyah (DSM). Bentuk layanan yang diberikan adalah :
1)    Pemeriksaan kesehatan umum
2)    Pemeriksaan kadar gula darah
3)    Pemeriksaan kadar kolesterol
4)    Pemeriksaan kadar asam urat

i.    Pelayanan Remaja Sehat Milik Nasyiatul ‘Aisyiyah (PASHMINA)
Kegiatan ini berupa pemeriksaan kesehatan remaja yang bekerja sama dengan lembaga Pelayanan Remaja Sehat Milik Nasyiatul ‘Aisyiyah (NA) Pimpinan Daerah Nasyiatul ‘Aisyiyah (PDNA) kota Yogyakarta.