Madrasah Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta adalah lembaga pendidikan khusus putri yang dirintis dan didirikan oleh K.H. Ahmad Dahlan. Pada tahun 1918 K.H, Ahmad Dahlan mendirikan Al-Qismul Arqa yang kemudian diubah menjadi Pondok Muhammadiyah pada tahun 1921, lalu menjadi Kweekschool Moehammadiyah pada tahun 1923. Kemudian tahun 1924 siswa Kweekschool Islam dipisah antara laki-laki dan perempuan. Kweekschool Muhammadiyah untuk putra dan Kweekschool Istri untuk putri.

     Pada tahun 1932 KweekSchool Muhammadiyah diubah menjadi Madrasah Mu’allimin dan Kweekschool Istri diubah menjadi Mu’allimaat. Setahun kemudian kedua madrasah tersebut dipisah. Madrasah Mu’allimin berlokasi di Ketanggunan, Yogyakarta dan Madrasah Mu’allimaat bertempat di Kampung Notoprajan, Yogyakarta.

     Pada Kongres Muhammadiyah Ke-23 tahun 1934 di Yogyakarta, ditegaskan bahwa Madrasah Mu’allimin-Mu’allimaat Muhammadiyah Yogyakarta merupakan Sekolah Kader persyarikatan Tingkat Menengah yang diadakan oleh Pimpinan Pusat Muhammadiyah.  Kongres Muhammadiyah Ke-28 tahun 1938 di Medan telah memutuskan, mengamanatkan kepada Pimpinan Pusat Muhammadiyah Yogyakarta untuk mengelola secara resmi Madrasah Mu’allimaat ini sebagai lembaga pendidikan calon pemimpin, guru agama dan Mubalighat Muhammadiyah dengan masa pendidikan 6 (enam) tahun setelah tamat Sekolah Dasar atau Madrasah Ibtidaiyah.

     Pada tanggal 3 Oktober 1988, Pimpinan Pusat Muhammadiyah melalui Piagam Pendirian Nomor : 21/P.P./1988, menyatakan bahwa Madrasah Mu'allimaat Muhammadiyah Yogyakarta adalah milik Persyarikatan Muhammadiyah yang dibina oleh Pimpinan Pusat Muhammadiyah.

Visi Madrasah

Madrasah Mu‘allimaat Muhammadiyah Yogyakarta sebagai institusi pendidikan Muhammadiyah tingkat menengah yang unggul dan mampu menghasilkan kader ulama, pemimpin dan pendidik sebagai pembawa misi gerakan Muhammadiyah.

Misi Madrasah

Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan Islam guna membangun kompetensi dan keunggulan siswi di bidang ilmu-ilmu dasar keislaman, ilmu pengetahuan, teknologi, seni dan budaya.

Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan bahasa Arab dan bahasa Inggris sebagai alat komunikasi untuk mendalami agama dan ilmu pengetahuan.

Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan kepemimpinan guna membangun kompetensi dan keunggulan siswi di bidang akhlaq dan kepribadian.

Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan keguruan guna membangun kompetensi dan keunggulan siswi di bidang kependidikan.

Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan keterampilan guna membangun kompetensi dan keunggulan siswi di bidang wirausaha.

Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan kader Muhammadiyah guna membangun kompetensi dan keunggulan siswi di bidang organisasi dan perjuangan Muhammadiyah.

Tujuan Pendidikan

Terselenggaranya pendidikan tingkat menengah yang unggul dalam membentuk kader ulama, pemimpin, dan pendidik yang mendukung pencapaian tujuan Muhammadiyah, yakni terwujudnya masyarakat Islam yang sebenar-benarnya.